背景
为深入贯彻落实《深化国税、地税征管体制改革方案》，进一步完善特别纳税调查调整及相互协商管理程序管理工作，积极应用税基侵蚀和利润转移（BEPS）行动计划成果，有效执行我国对外签署的避免双重征税协定、协议或者安排，根据《中华人民共和国企业所得税法》及其实施条例、《中华人民共和国税收征收管理法》及其实施细则的有关规定，国家税务总局制定了《特别纳税调查调整及相互协商程序管理办法》。
影响
《办法》结合国内国际的经济环境变化及多年来特别纳税调查调整工作的经验，对特别纳税调查调整的相关内容进行了补充修改和细化，进一步明晰税务机关的调查调整程序、调整方法等相关工作内容。《办法》还充分考虑纳税人的合法权益，进一步规范了特别纳税调整相互协商的工作流程及内容。该《办法》对维护国家税收权益、营造公平国际税收秩序以及促进跨国国际贸易活动的顺利开展具有积极的意义，而且相互协商程序为解决税务争议、消除国际征税提供重要途径。同时，使得纳税人能够更加清楚地了解税务机关在转让定价调查中的关注点。
主要内容
一、 特别纳税调查及调整
（一）该《办法》主要明确了税务机关应该如何对关联交易实施特别纳税调查与调整。第四条至第四十三条涉及特别纳税调查及调整的相关内容，包括重点关注企业类型，调查的立案，具体分析内容，转让定价方法，对于无形资产、关联劳务交易以及亏损的简单功能企业的考量，调整方法，调查调整的法定程序等内容。
（二）该《办法》明确了税务机关对于经调查没有发现存在特别纳税调整问题的企业，应当作出特别纳税调整调查结论，而对于存在特别纳税调整问题的企业，应当按照程序实施调整。在实施调整程序中规定了当企业对税务机关调整方案存在异议时，税企双方所应遵循的协商程序以及时限等内容。
（三）在实施调整程序中，如果企业对于税务机关的最终调整方案仍存在异议，企业可以选择依照《特别纳税调查调整通知书》缴纳或者解缴税款、利息及滞纳金或者提供相应的担保后，依法申请行政复议，以及行政诉讼。
二、可比性分析因素和转让定价方法
（一）该《办法》要求在进行可比性分析时需考虑各方执行合同的能力，合同的实际执行情况，以及关联方之间签署合同条款的可信度等因素。
（二）在可比性分析因素中加入成本节约、市场溢价等地域特殊因素。关于利润分割法，明确指出应考虑成本节约、市场溢价等地域特殊因素并提出合理的分配因素对剩余利润进行分配。
（三）金融资产的转让已经明确被规定为关联交易的一种，该《办法》详细讨论了在使用可比非受控法对此类交易（包括股权转让交易）进行定价及评估时应考虑的可比性分析因素。
（四）该《办法》规定交易利润法一般适用于不拥有“重大价值无形资产”企业的有形资产所有权或使用权的转让和无形资产使用权受让。
（五）在关注无形资产和股权转让交易的同时，也介绍了其他评估方法（包括成本法、市场法和收益法）来协助分析此类交易的转让定价。
（六）该《办法》还指出转让定价方法包括可比非受控价格法、再销售价格法、成本加成法、交易净利润法、利润分割法及其他符合独立交易原则的方法。其他符合独立交易原则的方法被定义为包括资产评估方法，以及其他能够反映利润与经济活动发生地和价值创造地相匹配原则的方法。
三、 关于无形资产的特定条款
（一）第30条提出了无形资产开发、价值提升、维护、保护、应用和推广的分析方法，指出在判定企业及其关联方对无形资产价值的贡献程度及相应的收益分配时，应当全面分析企业所属集团的全球营运流程，充分考虑各方在无形资产开发、价值提升、维护、保护、应用和推广中的价值贡献，无形资产价值实现的方式，无形资产与集团内其他业务的功能、风险和资产的相互作用。
（二）第31条、第32条以及第33条对企业从关联方收取无形资产特许权使用费作出了规定，这与原先仅关注企业支付特许权使用费的法规相比，进一步实现了无形资产交易的更加全面的管理。
四、 关于关联劳务的特定条款
（一）对于关联劳务交易，《办法》将受益性与独立交易原则进行了统一。指出符合独立交易原则的关联劳务交易应当是受益性劳务交易，并且按照非关联方在相同或者类似情形下的营业常规和公平成交价格进行定价。同时列举了非受益性劳务包括的内容。
（二）《办法》再次强调了“独立交易原则”的应用。即企业向未执行相关功能、承担相应风险且无实质性经营活动的境外关联方支付的费用，不符合独立交易原则的，税务机关可以实施特别纳税调整。
五、相互协商程序
（一）该《办法》积极响应BESP行动计划对争议解决机制的相关指引，就涉及双边或者多边预约定价安排的谈签或由于实施特别纳税调整情况下需解决双重征税问题时启动的相互协商程序的工作流程和内容进行了完善。如明确了相互协商程序的启动、暂停或终止、执行等重要的时间节点以及其适用情况；明确了本公告施行前已受理但尚未达成一致的相互协商案件，适用本《办法》的规定；以及申请提交的方式、主管税局可以拒绝申请的情形等具体程序要求。
（二）该《办法》在原本的启动和终止相互协商程序的基础上增加了“暂停相互协商程序”的适用情形，赋予了企业及税务机关在一定条件下暂停相互协商程序的权利。另外，还明确列示了税务总局可以拒绝企业或缔约对方税务主管当局启动相互协商程序的请求的条件，其中特别强调虽然已经结案但是企业仍未缴纳相应税款的情况下，税务总局依然有权拒绝启动相互协商程序。
法条连接：
《特别纳税调整及相互协商程序管理办法》
http://www.chinatax.gov.cn/n810341/n810755/c2538695/content.html